Mùa hè năm 1961, Go Seigen bị một chiếc xe mô tô tông vào và phải nằm viện hai tháng, và ông bị tông một lần nữa trong một khoảng thời gian dài hơn một năm sau đó. Ông bị tổn thương thần kinh, và điều này dẫn đến hậu quả là sự dẻo dai cũng như độ tập trung của bản thân ông nhanh chóng giảm sút. Vụ tai nạn đã đánh dấu khởi đầu của sự kết thúc sự nghiệp của Go Seigen, khi ông không thể thi đấu một cách hiệu quả trong các trận đấu dài mệt mỏi do các triệu chứng buồn nôn và chóng mặt. Dần dần, Go Seigen thi đấu ít hơn và ít thường xuyên hơn, và bắt đầu bước vào thời kì từ giã sự nghiệp thi đấu chuyên nghiệp từ năm 1964, mặc dù ông không "chính thức" tuyên bố nghỉ hưu cho đến năm 1983.

Sau khi nghỉ hưu, Go Seigen vẫn tham gia hoạt động trong cộng đồng cờ vây bằng cách giảng dạy, viết sách và thúc đẩy sự phát triển của bộ môn cờ vây trên toàn thế giới. Ông là tác giả của một số cuốn sách về cờ vây, một số trong đó bao gồm A Way of Play for the 21st Century (Một phương pháp chơi cờ dành cho thế kỉ 21), Modern Joseki Application Dictionary (Từ điển Định thức Hiện đại), và Fuseki and Middle-game Attack and Defense (Tấn công và phòng thủ trong Bố cục và Trung bàn chiến). Go Seigen đã tổ chức các buổi học với những kỳ thủ chuyên nghiệp khác như O Rissei, Michael Redmond, Rui Naiwei và những kỳ thủ khác.

Năm 1987, Go Seigen được trao danh hiệu Grand Cordon của Huân chương Mặt trời mọc, Đệ tam phẩm, Gold Rays with Neck Ribbon, cho những đóng góp suốt đời của mình cho bộ môn cờ vây.

Năm 1999, ông Teramoto, quản lý của Go Seigen, đã phát biểu với nhà báo về cờ vây Pieter Mioch: "Ông ấy [Go Seigen] là một trong ba kỳ thủ cờ vây vẫn sẽ đáng chú ý trong vài trăm năm nữa. Hai người còn lại là Dosaku (1645 – 1702) và Shusaku (1829 – 1862)."[6]

Vào sáng sớm ngày 30 tháng 11 năm 2014, Go Seigen qua đời do tuổi già tại một bệnh viện ở Odawara, Kanagawa, Nhật Bản, hưởng thọ 100 tuổi.[7]